以前に書いた、
YouTubeのiframe埋め込みによる重なり問題
と基本的には同じ。
wmode=transparent にすればよい。

ニコ動のプレイヤー付き埋め込みコードでは tr=1 を付加すれば、wmode=tansparent になるとのこと。

要するに、
ニコ動のこんな埋め込みコードに対して、

<script type="text/javascript" src="http://ext.nicovideo.jp/thumb_watch/sm14815648"></script><noscript><a href="http://www.nicovideo.jp/watch/sm14815648">【ニコニコ動画】【バファローベルMAD】交流ノススメ</a></noscript>

こんな風に、?tr=1 とか付加してやれば重なり問題は解消されるはずです。

<script type="text/javascript" src="http://ext.nicovideo.jp/thumb_watch/sm14815648?tr=1&w=440&h=248"></script><noscript><a href="http://www.nicovideo.jp/watch/sm14815648">【ニコニコ動画】【バファローベルMAD】交流ノススメ</a></noscript>

ただし、
このままだと背景が透明で抜けてしまうようなので、
(transparentなので当然ではありますが・・・)
しょうがないので以下のように div で囲ってどうにかします(^_^;)

<div style="padding:0; background-color:black">
<script type="text/javascript" src="http://ext.nicovideo.jp/thumb_watch/sm14815648?tr=1&w=440&h=248"></script><noscript><a href="http://www.nicovideo.jp/watch/sm14815648">【ニコニコ動画】【バファローベルMAD】交流ノススメ</a></noscript>
</div>

なお、
サイズを変更したい場合は例えば ?w=440&h=248 とか付加すればOKとのこと。

ちょっとチェックしてみた所、
WordPressの場合、
現状ではAuto Thickboxプラグインを使うと重なり問題が起きるようです。
ちなみに、
このブログではShadowbox JSを使ってますが、
tr=1 を付けなくてもとりあえず問題は起きてないようです。

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